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2026.04.22

会社を設立して、初めての税務調査が気になる方へ

会社を設立して、初めての税務調査が気になる方へ

税理士がいる場合の一般的な流れ、準備、税理士の費用について

簡単に、確認します。

目次

初めての税務調査：流れ

初めての税務調査：準備

初めての税務調査：税理士の費用

初めての税務調査：流れ

会社に顧問契約した税理士がいる場合

税理士に税務署から、調査の候補日時や場所、準備などについて、連絡があります。

そのあと、税理士から社長の都合のいい日時などについて、確認があります。

初めての税務調査の場合、おおむね1日～2日、時間は、午前10時～16時くらいまで

調査官が、調査をします。

税務調査の初日の午前中は、会社の業務内容の概況や、経理の状況の確認が中心となり

調査官と社長の会話が中心となります。

初日の午後から、総勘定元帳などを中心に、調査官が、本格的な実地調査に乗り出します。

実地調査が一通り、終わるころ、今回の調査で、税務署に否認されそうなポイントや

今後の流れを確認します。この時点で、調査官から、税務調査による追徴課税など

具体的な税額は、教えてもらえません。

そして、税務調査から、数か月ほど、時間が経ち

税理士と税務署で、修正申告案について、検討し、社長の同意を得たうえで

修正申告をし、加算税の通知が来て、税務調査が完了となります。

初めての税務調査：準備

税務調査の準備にあたっては

・税務調査の論点の整理

・経理書類の準備

のふたつが必要です。

・税務調査の論点の整理

売上の計上もれ、消費税の過大還付、役員からの多額の借入金など

個々の会社によって、税務調査で、問われるであろうポイントが、必ず、あります。

税務調査が来る前に、これらの論点を整理し、社長が自分の言葉で

根拠を示して、説明できるようにしておくことが、調査を円滑に乗り切ることにつながります。

・経理書類の準備

税務調査では、過去3年の申告書類、元帳、一人別徴収簿、請求書等が求められます。

このうち、申告書類、元帳、一人別徴収簿は、税理士のほうで、紙やデータで用意できます。

会社としては、実質的に、請求書等の準備のみを行うことになります。

初めての税務調査：税理士の費用

初めての税務調査で、修正申告が出た場合

国税である法人税、地方法人税、消費税だけではなく

これらの加算税、法人都道府県民税、市町村税、税務調査に立ち会った税理士の費用など

芋づる式に、出費がかさむことになります。

このうち、当税理士事務所の場合の税理士の費用の目安は、税込で

税務調査の事前シュミレーション　22,000円

税務調査の当日の立会　33,000円／日

修正申告の作成　55,000円／期

となります。

事前シュミレーションつきで、調査が2日、修正申告が3期あった場合

22,000円＋33,000円×２＋55,000円×3

となります。

税務調査により、思わぬ出費がでると、会社の資金繰りは、痛手となります。

思わぬ出費を減らすには、毎年1回の税務申告を、事実と法に基づいて

適正に行うことが重要です。

 

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